甘肃省疾控中心于2016年7月开始策划、建立和实施“ISO9001质量管理体系”， 2017年通过中国检验认证集团甘肃有限公司现场评审，2017年11月14日取得“ISO9001质量管理体系资质证书”。
      中国检验认证集团甘肃有限公司依据《质量管理体系  要求》（GB/T19001-2016）和相关管理要求于2019年11月11日～11月12日对中心“ISO9001质量管理体系”运行情况进行第二次监督评审。中心主任孟蕾、副主任李慧、孙建云、何爱伟和中心各所所长、科室科长和主持工作的副科长参加了首（末）次联席会议。  
      评审组依据《质量管理体系  要求》（GB/T19001-2016）、中心《ISO9001质量管理体系 管理手册》及部分所、科《ISO9001质量管理体系 工作手册》等，通过听取汇报、观察、座谈、提问及查看资料等方式，对我中心5个所、13个科室“ISO9001质量管理体系”运行情况进行现场评审，通过两次监督评审，覆盖中心13所，33个科室。评审组认为：我中心按《质量管理体系 要求》（GB/T19001-2016）的要求修订并建立比较完整的管理体系文件，内容适用，组织实施比较到位，组织机构设置合理，部门和岗位职责基本清晰，文件控制较规范，各部门按照管理体系文件要求开展工作，管理体系运行有效，通过本次现场评审。