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耳念珠菌感染对于免疫系统受损的人最致命。感染通常在医院等环境内传播，最初的症状是发烧、疼痛和疲劳，如果真菌扩散到血液、大脑或心脏，甚至会夺人性命。耳念珠菌致死率极高，大多数患者会出现不明原因的高热，且伴有各种器官衰竭等。

耳念珠菌感染主要累及住院病例，高风险人群为严重慢性基础病或免疫抑制的病人，如：糖尿病、慢性肾病、HIV感染、肿瘤等。新生儿、插管或留置导管的病人、手术病人以及使用广谱抗生素或抗真菌药全身用药病人也可感染。健康人通常不会感染耳念珠菌。耳念珠菌导致的症状取决于感染的位置，包括血流感染、伤口感染和耳部感染等。其中，血流感染最为严重，病死率可达30%-40%。

耐药性耳念珠菌菌株在不同大陆具有不同的遗传特性，这表明耐药性是同时在世界各地独立进化的。尚不清楚是什么导致了这些"超级真菌"的突然出现，但有一种理论认为，在农作物上广泛使用杀菌剂促使耳念珠菌进化出抗药性。

耳念珠菌是一种多重耐药、强传染性的致命真菌。耳念珠菌的耐药性比较强，部分耳念珠菌菌株对临床常用的抗真菌药都有耐受性；二是血液感染致死率高；三是耳念珠菌鉴别困难，用传统的生化鉴定、显微镜观察等方法进行鉴别，它和普通的念珠菌几乎没有分别，因此误诊可能性较大。不过，随着检验技术的提高，耳念珠菌目前可通过质谱技术和分子生物学鉴定方法来鉴别。

对于普通健康人群而言，耳念珠菌并没有什么影响，也不需要预防。但是，免疫力低下的老年人、新生儿、糖尿病患者、重症监护室患者及术后患者等容易感染。因此，人群密集的医疗机构、养老机构等，应该充分引起重视。该真菌在普通环境或空气中几乎从未检出，但是它黏附能力很强，会顽固地黏附在环境表面，因此，医疗器械如呼吸机、血透留置导管等接口处的清洁十分重要，必须做好充分的消毒。

耳念珠菌对于氟康唑、伏立康唑等广谱三唑类抗真菌药有较强耐药性，但棘白菌素类药物对于部分菌株尚有治疗效果，所以并非完全"无药可治"。

耳念珠菌在国内发生仍属个案。我国已报道的耳念珠菌感染病例，对除氟康唑外的所有抗真菌药物均敏感，我国最早分离的耳念珠菌对所有抗真菌药物均敏感。换言之，称中国地区的耳念珠菌为"超级真菌"并不准确。耳念珠菌的致病性并未显著高于其他真菌，中国尚未见耳念珠菌感染导致死亡的病例报道。