空气清新剂最明显的缺陷是它本身含有的某些成份会对环境造成污染，危害人体健康。另外空气清新剂中的有些化学物质如：乙醚、香精等在净化空气时又会产生新的危害成份，成为新的空气污染物,这其实是加剧了室内空气的污染程度,长期使用会对呼吸道、神经系统产生不良刺激，影响儿童的生长发育，甚至可以诱发疾病。

空气清新剂还有个缺点就是它并没有分解有害气体,达到清新空气的目的。它的作用是通过散发香气来盖住异味,而不是与空气中导致异味的气体发生反应,也就是说,空气清新剂的效果并没有清除空气中的有害气体,而只是靠混淆人的嗅觉来"淡化"异味。

所以，要想使家里和车内保持清新的空气，常开窗通风是最好的办法。对于厕所的臭味，也不要过分依赖空气清新剂，保证勤打扫，多通风。而且去除异味也还有更为简单的办法，比如在室内放一些橘子或茶叶袋，它们清新的气味，不仅能够刺激神经系统的兴奋，让人神清气爽，还能清除污浊的空气，美化室内的环境。

如果家里遇到必须使用空气清新剂的情况，请不要在婴幼儿、哮喘病人、过敏体质者在家时使用。尽量使用质量有保证的水剂、植物香精等环保配方的空气清新剂。